Es ist überliefert, dass es bereits im Mittelalter eine Orgel in der Heilgeistkirche gab. Wie lange dieses Instrument in Gebrauch war, ist nicht bekannt. Bei der Belagerung 1678 wurde die Orgel durch eine Bombe sehr stark beschädigt. 1702 wurde die Orgel wieder hergestellt, allerdings ging sie bei der Belagerung 1715 unter. Ein Angebot des Orgelbauers Christian Gottlieb Richter aus Stettin, das er der Gemeinde 1739 unterbreitet, wurde abgelehnt.

Erst 1829 bekam die Heilgeistkirche wieder eine Orgel. Carl August Buchholz baute das Instrument nach einem Entwurf von 1826. Die Kosten beliefen sich auf 1634 Taler in Gold, dazu stellte die Kirche zehn Wochen freie Unterkunft für den Meister und zwei Gehilfen. Das Gehäuse und die Empore musste die Gemeinde zusätzlich finanzieren. Am 9. Februar 1829 wurde das Instrument abgenommen und am 1. März erstmals vor der Gemeinde gespielt.

Im 20. Jahrhundert wurde die Orgel mehrfach verändert und umgebaut, wobei sich der Zustand mehr und mehr verschlechterte. Ein bedeutender Teil des Pfeifenwerks wurde bei diesen Umbauten unbrauchbar. Für Rüstungszwecke mussten 1917 die Zinn-Prospektpfeifen abgegeben werden, die später in Zink ersetzt wurden.

Die Firma Schuke aus Potsdam stellte das Instrument 1969 deshalb mit neuer Disposition wieder her. Das verwendbare Pfeifenwerk wurde übernommen, die Pedalwindlade erneuert, die Laden für Haupt- und Oberwerk beibehalten. Die Spiel- und Registermechanik wurden ebenfalls original beibehalten, die Manubrien, Manuale und Pedal jedoch erneuert. 2003 wurde das Instrument durch die Firma Schuke erneut repariert, gereinigt und gestimmt.